Rafael Llano Cifuentes nasceu no dia 18 de fevereiro de 1933 na Cidade do México. Terceiro filho do casal Antonio Llano e Estela Cifuentes, o jovem seguiu os passos que o levaram a estudar Direito Civil e realizar pós-graduação pela Universidade de Salamanca e Doutorado em Direito Canônico pela Universidade Pontificia de São Tomas em Roma.
No dia 20 de dezembro de 1959, Rafael Cifuentes foi ordenando padre na Prelazia do Opus Dei, em Madri, na Espanha. O sacerdote chegou ao Brasil em 1961 e no Rio de Janeiro em 1975. Durante a caminhada trabalhou como Professor Titular de Direito, na Faculdade Paulista de Direito na PUC-SP, fundou o Centro de Pesquisas Universitárias onde foi diretor e professor do Curso de Técnicas de pesquisa e trabalho intelectual e professor do Instituto Superior de Direito Canônico do Rio de Janeiro.
O sacerdote recebeu a nomeação de Bispo Titular de Mades e Auxiliar da Arquediocese do Rio de Janeiro, pelo então papa João Paulo II, no dia quatro de abril de 1990. A ordenação episcopal foi conferida a Dom Rafael Cifuentes no dia 29 de junho de 1990, na Catedral Metropolitana com o lema: Omnia Traham ad Meipsum ( Atrairei tudo em mim).
Como bispo Auxiliar do Rio de Janeiro, Rafael Cifuentes acumulou funções de Coordenador da Pastoral Familiar, da Juventude e Universitária, Animador do Vicariato Episcopal Leopoldina; Responsável pela Evangelização 2000, pela Renovação Carismática Católica, pelo Movimento Pró- Vida.
A nomeação para Bispo da Diocese de Nova Friburgo foi anunciada no dia 12 de maio de 2004. Um dos pontos mais destacados em sua gestão espiritual está a construção do Seminário Diocesano da Imaculada Conceição, inaugurado no dia 19 de agosto de 2006. Em seis de janeiro de 2009, Dom Rafael elevou a então capela de Santo Antonio do Cristo Ressuscitado, no Prado, a condição de paróquia.
